近日一篇關(guān)于新冠病毒變異的描述（詳情：中國科研團(tuán)隊(duì)：新冠病毒已突變，有2個(gè)亞型），上了熱搜，大概的意思是新冠病毒變異了。

　　好可怕，這么快就變異了。

　　新冠病毒變異了么？

　　2月17日，廣東省疾控中心分析了廣東和武漢早期的新冠，幾乎無突變；

　　2月19日，中科院西雙版納熱帶植物園分析了93個(gè)樣本，發(fā)現(xiàn)僅有120個(gè)突變且均勻分布在10個(gè)編碼區(qū)；

　　2月25日，南方醫(yī)科大學(xué)分析了38株病毒基因序列后共計(jì)有117個(gè)位點(diǎn)突變，均勻地分布整個(gè)基因組；

　　3月3日，中國疾控中心分析了120個(gè)樣本的基因序列，發(fā)現(xiàn)基因組中僅有幾個(gè)突變，整體突變程度較低；

　　而耶魯大學(xué)的流行病學(xué)專家Nathan D. Grubaugh專門在Nature Microbiology上發(fā)表評論文章，指出病毒突變符合正常流行病學(xué)規(guī)律，沒必要恐慌。

　　但同樣在3月3日，中國科研團(tuán)隊(duì)最新發(fā)現(xiàn)顯示：新冠病毒已于近期產(chǎn)生了149個(gè)突變點(diǎn)，并演化出了兩個(gè)亞型，分別是L亞型和S亞型。研究發(fā)現(xiàn)，在地域分布及人群中的比例，這兩個(gè)亞型表現(xiàn)出了很大差異。其中S型是相對更古老的版本，而L亞型更具侵略性傳染力更強(qiáng)。

　　天啊，果然新冠病毒夠狡猾，才出來2個(gè)月，就能夠從古老民族突變成侵略性傳染性更強(qiáng)的種族了？

　　我們又得重新講講病毒了。

　　病毒有多簡單？簡單到不太像生命。

　　其他的生命，哪怕是個(gè)單細(xì)胞生物，也還是自食其力，捕捉點(diǎn)光子制造能量啊，找點(diǎn)碳源氮源復(fù)制下命根子（遺傳物質(zhì)）啊，穿件衣服（核蛋白，保護(hù)遺傳物質(zhì)）啊，搭個(gè)房子（膜蛋白，細(xì)胞膜）啊，用小胳膊小腿（鞭毛等）移動(dòng)移動(dòng)。但是病毒，這些似乎都不需要，基本上除了命根子必須保住，其他的衣服房子都可以從宿主細(xì)胞搶過來后七拼八湊，不具備自主運(yùn)動(dòng)能力，也不需要新陳代謝，唯一延續(xù)的目的就是復(fù)制命根子——這還真應(yīng)了理查德.道金斯著名的論斷“自私的基因”。

　　從遺傳物質(zhì)上分，病毒有兩種（如果不算朊病毒的話），DNA病毒和RNA病毒，我們以前也講過，RNA病毒只有一條鏈，所以更加隨意……（新冠病毒體外到底活多久，迄今為止我知道的都告訴你）

　　所以RNA病毒變異很奇怪么，真的太普通了。所以除了病毒發(fā)生了從S型到L型的突變之外，另一種出現(xiàn)S，L兩種型別可能的解釋是，本來病毒就有多個(gè)亞型，存在一定的多樣性。

　　話不多說，我們看論文。

　　01文章標(biāo)題

　　On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2.

　　翻譯：新冠病毒的起源和持續(xù)演化。

　　說人話：新冠病毒好像一直在變變變……

　　文章鏈接：https://academic.oup.com/nsr/advance-article/doi/10.1093/nsr/nwaa036/5775463

　　02文章狀態(tài)

　　3月3日發(fā)表在National Science Review。

　　說人話：這可是正式發(fā)表，經(jīng)過同行評議了哈。

　　03研究數(shù)據(jù)

　　在GISAID數(shù)據(jù)庫下載了103個(gè)新冠病毒基因組序列。特別推薦：GISAID可是這次大放異彩的在線數(shù)據(jù)工具，用于急性感染事件中病原演化的展示，網(wǎng)址參考：https://www.gisaid.org/epiflu-applications/next-sars-cov2-app/

　　04方法學(xué)

　　利用連鎖方法對103個(gè)新冠病毒基因組進(jìn)行分析，鑒定了高度連鎖多態(tài)性位點(diǎn)，并對病毒進(jìn)行分組。

　　05主要發(fā)現(xiàn)

　?。?）從103株病毒基因組中共發(fā)現(xiàn)149個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)，但絕大多數(shù)的新發(fā)突變都是singleton，即只在一株病毒中發(fā)生了突變。通過連鎖分析發(fā)現(xiàn)位于參考基因組第8782位的T-C同義突變和28144位的C-T非同義突變的兩個(gè)突變位點(diǎn)高度連鎖。

　?。?） 利用高度連鎖的兩個(gè)位點(diǎn)可以將新冠病毒分為L和S兩個(gè)亞型，103株病毒中的101株來自這兩個(gè)亞型。從比例上看，L亞型更為普遍達(dá)到70%，S亞型占30%。

　?。?）通過與其他冠狀病毒進(jìn)行比較，發(fā)現(xiàn)S型與蝙蝠冠狀病毒在進(jìn)化上更接近，可能為祖先類型，推測L型則可能由S型演化而來。

　　06簡評?硬核生物信息解讀，看不懂可以不看

　　本來通過對公開103株新冠病毒基因組數(shù)據(jù)的整合分析，鑒定了149個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)，但其中絕大多數(shù)突變只在某一病毒株中發(fā)生，能夠提供的信息量有限。作者通過對149個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)的LD分析鑒定了兩個(gè)緊密連鎖的位點(diǎn)，并將病毒明確分成兩組，盡管從進(jìn)化樹來看，兩個(gè)分支區(qū)分得很清楚，但要是添加PCA和Structure（K=2）的分析會(huì)更讓人信服（結(jié)果很可能跟預(yù)期是一致的）。

　　另外，進(jìn)化樹上缺乏Bootstrap值，要是能夠證明一下拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的健壯性就更好了。盡管從進(jìn)化樹上看，S型比L型更早出現(xiàn)，但由于基因組數(shù)量少，多態(tài)性位置信息量有限，目前缺乏足夠依據(jù)證明L型是在S型傳播過程中演化出來的還是兩者在本次傳播早期同時(shí)出現(xiàn)，至于這兩種亞型在傳播能力或毒性上是否存在差別，是否受到了自然選擇且有功能差異，則需要更多的數(shù)據(jù)，甚至功能實(shí)驗(yàn)來驗(yàn)證。

　　說人話：這個(gè)項(xiàng)目的算法還是靠譜的，結(jié)論也相對清晰，雖然還有進(jìn)步余地，但確實(shí)是經(jīng)過同行評議的經(jīng)得住挑刺兒哈。但是還是因?yàn)闇y序的病毒株有限，樣本在時(shí)空分布可能仍存在偏倚可能，人群對兩種病毒易感性從實(shí)際來看也沒有明顯的差別，無法強(qiáng)力證明是發(fā)生了演化，還是一開始就都存在。

　　一句話：論據(jù)有點(diǎn)少，論證沒問題，結(jié)論不一定。

　　題外話，其實(shí)文章也有提到，目前的數(shù)據(jù)量還不足，而新冠病毒可能不是新近發(fā)生變異而分化成L和S型，而是這兩個(gè)型別在病毒爆發(fā)的早期可能就已經(jīng)存在，是現(xiàn)在的隔離和醫(yī)療措施把可能更有害的L型頻率給降低了。這一結(jié)果說明當(dāng)前群防群控是卓有成效的。還是媒體吸引眼球，又把節(jié)奏帶偏了……

　　突變是病毒生命周期的一個(gè)自然組成部分，類似我們臉上長個(gè)痘，或者皮膚上出現(xiàn)了斑，絕大部分是良性的。對于RNA病毒來說，突變非常容易，既可以使病毒毒性增強(qiáng)，也可使其減弱。而病毒的毒性和傳播方式等是由多個(gè)基因控制，換句話說，一般要多個(gè)突變才能發(fā)生重大性質(zhì)改變。而關(guān)于突變后果的說法都需要實(shí)驗(yàn)和流行病學(xué)證據(jù)，咱們不該對病毒一般性突變感到恐慌。

　　基因組學(xué)科大致將變異分為“突變”和“基因重組”兩種情況。我一直喜歡用撲克牌舉例（黑紅梅方恰好相當(dāng)于ATCG），以下照片拍自我家的撲克。

　　比如這副雜色順子，無論突變哪一張，都沒什么影響，還是雜色順子。

　　但比如這個(gè)就不行了，隨便拿一張突變，都不再是最大的同花順，而變成了雜色順子，從而能量大大減弱（對病毒來講，可能就從致命變成了溫和）。

　　重組的例子，參考下面這個(gè)例子，看似平淡無奇的兩副牌，如果交換兩張，就變成了兩副同花順，我們可以簡單虛擬理解，蝙蝠冠狀病毒和豬冠狀病毒重組后就產(chǎn)生了可以感染人的新冠病毒。