-科學(xué)家構(gòu)建和解析高質(zhì)量雉雞基因組序列圖譜
作者：黃辛
發(fā)布時間：2020-12-16
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-科學(xué)家構(gòu)建和解析高質(zhì)量雉雞基因組序列圖譜

?(左)雄性雉雞，(右)雌性雉雞，雉雞外形具有明顯的性別差異
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上海交通大學(xué)農(nóng)業(yè)與生物學(xué)院孟和團(tuán)隊采用多平臺策略成功地構(gòu)建了染色體層級的雉雞基因組序列圖譜，相關(guān)研究成果論文近日在線發(fā)表于《分子生態(tài)資源》。同時，雉雞基因組數(shù)據(jù)也在美國國家生物技術(shù)信息中心（NCBI）上公開。
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雉雞也稱環(huán)頸雉，俗名野雞或山雞。雉雞是世界上分布最為廣泛的狩獵用鳥，也是中國農(nóng)業(yè)農(nóng)村部《國家畜禽遺傳資源目錄》中養(yǎng)殖量最高的特種珍禽。雉雞屬于性二態(tài)鳥類，常作為性選擇研究的重要模型。
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研究人員采用第二代高通量測序、第三代單分子測序和Hi-C輔助基因組組裝技術(shù)，對家養(yǎng)雉雞進(jìn)行了從頭測序、組裝和注釋，獲得了染色體層級高質(zhì)量雉雞參考基因組。所得雉雞基因組大小為0.99 Gb，Contig N50達(dá)1.33 Mb，Scaffold N50達(dá)59.46 Mb，擁有23058個蛋白編碼基因。
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同時，研究人員運用比較基因組學(xué)技術(shù)分析并明確了雉雞與其他多種鳥類的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系，發(fā)現(xiàn)了一些鈣離子相關(guān)基因可能參與了雉雞的適應(yīng)性進(jìn)化與物種特性的形成，并且通過全基因組重測序分析在基因組中找到了與家養(yǎng)雉雞體重相關(guān)的人工選擇區(qū)域?！胺浅Ｓ幸馑嫉氖牵芯堪l(fā)現(xiàn)了雉雞的免疫重要基因—主要組織相容性復(fù)合體（MHC）基因序列存在獨特的排列模式，相較于家雞祖先紅原雞存在3個大片段的染色體倒位，暗示著雉雞免疫系統(tǒng)在進(jìn)化過程中曾經(jīng)經(jīng)歷過特殊的事件?！泵虾透嬖V《中國科學(xué)報》。
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據(jù)悉，孟和團(tuán)隊長期從事動物基因組學(xué)和分子育種研究和實踐工作，這是該團(tuán)隊繼完成世界首例雙峰駝基因組、蒙古馬和普氏野馬基因組、家驢和蒙古野驢基因組、家鵝和鴻雁基因組后又一例農(nóng)業(yè)動物的基因組序列圖譜構(gòu)建和分析工作。
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上海交通大學(xué)博士研究生何川為該論文的第一作者，孟和為通訊作者。



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